Trịnh Tùng là con trai thứ của Trịnh Kiểm, mẹ ông là bà Nguyễn Thị Ngọc Bảo, con gái trưởng của Chiêu Huân Tĩnh công Nguyễn Kim. Trước kia Nguyễn Kim là người đi đầu trong việc trung hưng nhà Lê, sau khi Kim chết (1545), Trịnh Kiểm là con rể đã giành hết binh quyền, giết con của Nguyễn Kim là Nguyễn Uông và đẩy Nguyễn Hoàng ra Thuận Hóa. Từ đó chính sự trong nước về tay Trịnh Kiểm, đó là nền móng của chính quyền các chúa Trịnh về sau. Ông chào đời vào ngày 12 tháng 11 ÂL năm Canh Tuất niên hiệu Thuận Bình thứ 2 (1550), tức 19 tháng 12 năm 1550 dưới triều Trung Tông nhà Lê, Tuyên Tông nhà Mạc tại Thanh Hóa.

Tháng 4 năm 1565, Trịnh Tùng cùng anh trai là Trịnh Cối theo Trịnh Kiểm tiến đánh phủ Trường Yên của nhà Mạc. Trong trận này quân Lê - Trịnh giành được ưu thế ban đầu, nhưng sau đó Mạc Kính Điển dùng mưu lẻn vào đánh úp Thanh Hoa đang trống không khiến Trịnh Kiểm phải rút quân về[1].

Năm 20 tuổi (1568), Trịnh Tùng được nhận phong Phúc Lương hầu, đặc ân cho đeo ấn bình đông, mở phủ riêng[2]. Ông là người tài đức, anh hùng nhất đời, có thể nối được chí cha, giúp nên nghiệp đế.[3]